O  Cão D’Água Português  é originário da região da Ásia central, cerca de 700 anos A.C., seguindo depois para a província Portuguesa de Algarve, que fica no litoral. Não se sabe ao certo como essa raça nasceu, mas existem algumas pistas. Uma provável referência ao cão d'água é o texto escrito por um monge, de 1297, que descreveu o salvamento de um marinheiro por um cão com "o pelo comprido e preto, tosquiado até a primeira costela, e com um tufo na ponta da cauda", um padrão de tosa muito comum nesses cães. Outra pista é uma gravura, do início do século XIX, em que mostra a chegada do rei de Portugal D. Miguel à praia de Belém e um cão d'água nadando em direção ao barco do rei.

Originalmente, por causa da sua habilidades para o nado, a raça foi muito usada pelos pescadores como ajudante nos barcos, recuperando objetos caídos no mar, como mensageiro entre quem estava no navio e quem estava em terra, guiando cardumes até as redes de pesca, entre outra atividades. Nessa época, ele era considerado o cão mais valioso, devido à qualidade de santo atribuída com base nessas habilidades.

A partir do século XX, o desenvolvimento da tecnologia náutica, que inclui desde rádios até radares, quase levou esse “cão marinheiro” à extinção, pois seu trabalho estava se tornando obsoleto. O número de cães da raça diminuiu muito e na década de 1930 os poucos exemplares restringiam-se à costa do Algarve. 

Em 1934, dois cães d'água de Sesimbra participaram pela primeira vez de uma exibição canina. Um rico empresário açoriano, Vasco Bensaúde, se interessou por esses animais e adquiriu quatro exemplares para seu canil Algarbiorum. Ele iniciou um cuidadoso programa de seleção para a raça. O exemplar mais importante foi um macho chamado Leão, que viria a servir como padrão para a raça  Cão de Água Português .

Só em 1972 a raça voltou a ser relevante, graças à criação do Clube do Cão D’Água Português, que ficava na América. Atualmente, esse cão é mais usado como animal de companhia.